| いよいよ残り２戦となり、佳境にさしかかったMotoGP2006。ランキング２位のロッシの猛追に、わずか１３ポイントの差でトップをキープし、逃げ切りたいN.ヘイデン（ホンダ）の争いが期待されたこのポルトガルGPは意外な結果で幕を閉じた。
王者ロッシはポールスタート。ここしばらく表彰台から遠ざかっているヘイデンも負けじと３位スタート。ロッシ、エドワーズ（ヤマハ-Motul)、ヘイデン、ペドロサ（ホンダ）の順で迎えた５周目、ヘイデンを抜きにかかったペドロサが転倒。なんとチームメイトかつポイントリーダーのヘイデンにを巻き込み、２台ともリタイアとなるホンダにとって最悪の展開となってしまった。
これでロッシも安泰かと思いきや、昨年からMotoGPクラスを走り、未だ表彰台にも届かなかったエイリアス（ホンダ)が２０周目にロッシをパスし、トップに。ロッシとエイリアスのバトル、またロバーツJr.とエドワーズが加わった４台のトップ争いは接近戦のまま続き、一時はロバーツJr.がトップを走行するなどめまぐるしく順位が入れ替わる。最終ラップはエイリアス、ロッシ、ロバーツJr.、エドワーズの順で始まったが、最終コーナーでロッシがエイリアスをパス。逃げ切れるかと思ったがエイリアスの懸命の追い上げ、またそこへのロッシの追い上げと続き、最後はなんと１０ｃｍほど、1000分の２秒差という僅差でエイリアスの初優勝となった。
２位となったロッシだが、これでロッシはヘイデンにポイント差８ポイントでランキングトップに浮上。最終戦で２位以内に入れば６年連続チャンピオンを飾ることとなる。
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